Ο καφές είναι ίσως η μεγαλύτερη πηγή αντιοξειδωτικών στη παγκόσμια διατροφή,
Η κυριότερη βιολογικά δραστική ομάδα ουσιών που υπάρχουν στον καφέ και έχουν ωφέλιμη δράση στην υγεία είναι αυτή των πολυφαινολών. Οι πολυφαινόλες είναι ουσίες με αντιοξειδωτικές και αντιφλεγμονώδεις ιδιότητες.
Ο καφές βοηθάει στη καύση του λίπος και στη βελτίωση της φυσικής απόδοσης. Η καφεΐνη, λόγω του διεγερτικού αποτελέσματός που έχει στο κεντρικό νευρικό σύστημα, αυξάνει τον μεταβολισμό αλλά και την οξείδωση των λιπαρών οξέων.
Ο καφές επίσης μπορεί να μειώσει δραστικά τον κίνδυνο Διαβήτη τύπου ΙΙ,
Προστατεύει από τον καρκίνο του ήπατος και των νεφρών,
Μπορεί να μειώσει τον κίνδυνο καρκίνου του στόματος .
Βοηθάει το αναπαραγωγικό σύστημα.
Τόσο ο καφές όσο και η καφεΐνη ειδικότερα, ασκούν ισχυρή προστατευτική δράση στα εγκεφαλικά κύτταρα από εκφυλιστικά νοσήματα της μεγάλης ηλικίας, όπως είναι η άνοια τύπου Alzheimer και η νόσος του Parkinson.
Η καφεΐνη προστατεύει επίσης από κατάθλιψη.